Schauplatz eines wittelsbachischen Konflikts mit effektiver Zollernbeteiligung
Herzog Ludwig VII. von Bayern-Ingolstadt machte Neuburg zeitweise zu seiner Residenz. Als der Streit mit seinem gleichnamigen Sohn eskalierte, zog er sich hierhin zurück. Der jüngere Ludwig verbündete sich mit Herzog Heinrich XVI. von Bayern-Landshut und Markgraf Albrecht Achilles, dessen Schwester Margarethe er 1441 heiratete. 1443 setzte er nach monatelanger Belagerung seinen Vater in Neuburg fest. Als der jüngere Ludwig 1445 starb, übernahm Margarethe ihren inhaftierten Schwiegervater und übergab ihn schließlich 1446 gegen eine hohe Zahlung dem Landshuter Herzog.
Im Schloss ist nur wenig aus dieser Zeit erhalten, denn ab 1505 war Neuburg Sitz eines neuen Herzogtums, dessen erster Vertreter Ottheinrich den Bau zu einem prächtigen Renaissanceschloss formte. Ergänzt um einen barocken Ostflügel thront es weithin sichtbar über der Donau. Neben einer Ausstellung zur Geschichte der Pfalz-Neuburg gibt es dort eine wertvolle Paramentensammlung der Neuburger Ursulinen und die beeindruckende Staatsgalerie Flämische Barockmalerei.